פרשנות מסורתית: ר' עובדיה מברטנורא: כָּל מַחֲלוֹקֶת שֶׁהִיא לְשֵׁם שָׁמַיִם, סוֹפָהּ לְהִתְקַיֵּם – כלומר שאנשי המחלוקת ההיא מתקיימים ואינם אובדין, כמחלוקת הלל ושמאי שלא אבדו לא תלמידי בית שמאי ולא תלמידי בית הלל. אבל קורח ועדתו אבדו. ואני שמעתי, פירוש סופה, תכליתה והמבוקש מענינה. והמחלוקת שהיא לשם שמים, התכלית והסוף המבוקש מאותה מחלוקת להשיג האמת, וזה מתקיים, כמו שאמרו מתוך הויכוח יתברר האמת, וכמו שנתברר במחלוקת הלל ושמאי שהלכה כבית הלל. ומחלוקת שאינה לשם שמים, תכלית הנרצה בה היא בקשת השררה ואהבת הניצוח, וזה הסוף אינו מתקיים, כמו שמצינו במחלוקת קורח ועדתו שתכלית וסוף כוונתם היתה בקשת הכבוד והשררה והיו להיפך:
מחשבותי: הפרשנות על משנה זו נחלקת בין המבינים מחלוקת כמצב בו קיימות קבוצות לבין המבינים אותה כעמדות נוגדות. כך או כך, כאב המחלוקת הוא בנתק ובניכור. שמחת המחלוקת היא בריבוי הדעות, בזהות הנבדלת, בגיוון פני ההוויה.
מחלוקת ראויה "סוֹפָהּ לְהִתְקַיֵּם", ומחלוקת מזיקה "אֵין סוֹפָהּ לְהִתְקַיֵּם". מחלוקות הלל ושמאי התפתחה להיות מחלוקות בית הלל ובית שמאי כקבוצות או בתי מדרש והן תופסות מקום נכבד מעורר מחשבה ומעורר השראה במשנה. הן מתקיימות זו בצד זו. ואילו את קורח וכל עדתו בלעה האדמה.
המשנה, שהיא ערש תרבות המחלוקת, מעמידה כאן מחלוקת עמוקה ויסודית המהווה תשתית למשנה –מַחֲלוֹקֶת הִלֵּל וְשַׁמַּאי. בניגוד לה היא מעמידה מחלוקת המתוארת בספר במדבר שלא נשאר ממנה זכר אלא סיפור בלבד, הסיפור המכונן על מַחֲלוֹקֶת קֹרַח וְכָל עֲדָתוֹ.
ההבדל בין המחלוקות נובע באופן ישיר מהעובדה שבתקופת הלל ושמאי, לדעת חכמים, אלוהים איננו מתגלה עוד ליחידים כפי שהתגלה לנביאים. המשנה יוצרת מצב חדש בו שוב אין הכרעה מהשמיים מהי האמת. כתוצאה מכך אין לדעת עוד מהי הדרך האחת הנכונה, ולכן יש דרכים רבות לבקש שמים בארץ. מחלוקת הלל ושמאי היא מחלוקת על קריאת התורה, שהיא ההתגלות האלוהית הפתוחה לכל.
חכמי המשנה מעמידים מצב של מחלוקת פרשנית דתית וערכית בימיהם, בשונה מהמצב בו ישנה אמת אלוהית – בתורה. מחלוקת לשם שמים היא אם כן מחלוקת על הדרכים להבין את השמים, להגיע לשמים או לדרוש את השמים. בין בית הלל לבית שמאי ישנה מחלוקת עמוקה על הדרך הדתית והחברתית. המחלוקת של קורח ועדתו, לעומת זאת, הייתה, פרסונאלית, מחלוקת על משה, שליחו ובא כוחו של אלוהים. גם אם לא נעסוק בניתוח המחלוקת ומהותה נבין כי בדרך בה התורה מציגה את המחלוקת באמת אין לה קיום.
לפנינו ביטוי אמיץ של המשנה להעמיד מצב בו מתקיים החזון לפיו כל בני האדם נבראו בצלם אלוהים ואין מי שיודע את האמת לאמיתה, כמצב אנושי דתית שיש לו קיום. המשנה הופכת פה את המחלוקת שנתפסה בתורה ככפירה, למצב קיומי המביא עמו התמודדויות קשות שהן הן סלע קיומנו היהודי.